中国中医科学院中医临床基础医学研究所（简称临床所）成立于2006年7 月，是在国家科技体制改革的总体要求和部署下，由科技部、财政部、中央编办批准的中国中医科学院下属的社会公益类科研事业单位。
目前，重点试行课题组负责制管理，全所共分为10个课题组。所长办公室负责所里行政管理、人事财务、资产管理、安全保卫等工作，科教处负责科研课题管理、研究生教育和医疗管理工作。业务科室包括中医心理学研究室、中医药标准规范研究中心、中医养生保健研究室、临床评价中心、社区慢病研究室。同时，设有中医学和中西医结合的博士、硕士培养点和
博士后流动站。目前，临床所共有人员48人，全部具有本科以上学历，研究生比例占60%以上。现为
国家中医药管理局中医药标准化工作办公室挂靠单位/ISOTC249国内对口单位，并承担国家中医药管理局2009年中医药行业专项办公室工作。
2021年12月15日，全国科技系统抗击新冠肺炎疫情表彰工作领导小组办公室发布公告，中国中医科学院中医临床基础医学研究所列入全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体拟表彰名单。